Trong khuôn khổ đường lối giáo dục đã đề xướng, Viện Đại học Vạn Hạnh sẽ tiếp tục sứ mạng giáo dục của mình. Ngoài những ngành học đã mở, Viện Đại học Vạn Hạnh sẽ còn phát triển thêm về các ngành học khác, đặc biệt về kỹ thuật, khoa học, và y khoa.

Tuy nhiên, trong hoàn cảnh hiện tại, Viện Đại học Vạn Hạnh đã có nhiều khó khăn riêng, ngoài những khó khăn chung của nền Đại học Việt Nam như vấn đề thiếu giáo sư đại học, thiếu các phương tiện về kỹ thuật, vân vân...

Với một niềm tin sắt đá, Viện Đại học Vạn Hạnh sẽ cố gắng khắc phục được những khó khăn đó ngỏ hầu hoàn thành sứ mạng thiêng liêng của mình, như Thượng tọa Viện trưởng nhiều lần nhắc nhở trong những bài diễn văn đọc trong các lễ khai giảng và nhất là những cuốn sách được coi như là căn bản của đường hướng giáo dục Vạn Hạnh, cuốn Trước Sự Nô Lệ Của Con Người. Viện Đại học Vạn Hạnh đang trên đà phát triển, và sẽ nỗ lực phát triển hơn nữa.